Hợp chất chống oxy hóa anthocyanin trong cà chua đen cũng tương tự như trong quả dâu tằm, thanh long ruột đỏ, bắp cải tím hoặc rau quả có màu tím.
Theo tiến sĩ Phan Thế Đồng, giảng viên Khoa Khoa học và Công nghệ, Đại học Hoa Sen, TP HCM, cà chua đen đang tạo nên cơn sốt trên thị trường hiện nay có 2 loại phổ biến. Loại thứ nhất khi cắt đôi quả, nước dính trên dao không có màu đỏ, thậm chí lấy ngón tay dí vào mặt cắt cũng không có màu đỏ dính vào. Đây là loại cà chua được lai tạo để giữ lại màu xanh, sau khi quả chín màu xanh này pha trộn với màu đỏ vốn có của cà chua làm cho trái trở nên đen. Như vậy ở đây chỉ có màu sắc thay đổi còn các thành phần licopen (một hợp chất trong nhóm carotenoid giàu vitamin A) và lượng chất chống oxy hóa không khác gì cà chua đỏ thông thường.
Loại cà chua đen thứ hai, khi cắt đôi quả thấy nước dính trên dao có màu tím thẫm. Nếu lấy ngón tay dí vào mặt cắt sẽ thấy màu tím dính vào ngón tay. Đây là loại được lai tạo để có thêm chất màu tím anthocyanin (tương tự như hợp chất có trong quả dâu tằm). Như vậy ngoài thành phần licopen, cà chua này có thêm một hợp chất chống oxy hóa là anthocyanin.
Cà chua đen có thêm anthocyanin thì được tăng cường thêm một chút khả năng chống oxy hóa. Dù vậy theo phân tích của các nhà nghiên cứu trên thế giới, hàm lượng anthocyanin trong cà chua đen thấp hơn nhiều so với quả dâu tằm hoặc việt quất (blueberry). Quả dâu tằm và việt quất chứa 1-3 mg trên một g quả tươi trong khi cà chua đen chỉ chứa 0,1-0,3 mg. Hơn nữa hàm lượng anthocyanin phụ thuộc rất nhiều vào chế độ canh tác và điều kiện đất trồng.